Propriété d'Edouard III d'Angleterre, de la famille d'Albret puis des Montferrand, le domaine conserve une vocation militaire jusqu'en 1802, date à laquelle le marquis de La Clonilla fait raser la forteresse et bâtit la demeure que l'on peut voir aujourd'hui. Jusqu'au début des années 60, les vins étaient souvent excellents, parfois grandioses.

A ce titre, le mythique 1900 fait partie des nectars les plus renommés du siècle. Entre 1963 et 1977, la propriété connaît une période difficile, sans investissement, où la qualité du vin s'en ressent. Avec l'arrivée de la famille Mentzelopoulos, et grâce aux talents d'Emile Peynaud, les vins ont retrouvé leur niveau de 1er grand cru classé. 1978 marque le début d'une succession de millésimes grandioses.

Le château Margaux possède un vignoble d'un seul tenant, qui repose en grande partie sur un sol graveleux, parfois argileux, comportant une forte proportion de calcaire.