L'histoire de Pape-Clément remonte au 13ème siècle, lorsque Bertrand de Goth, alors archevêque de Bordeaux, reçoit ces terres en cadeau. Elu Pape en 1306, il prend le nom de Clément V et rebaptise sa propriété « Pape Clément », avant de la léguer au clergé bordelais, qui garda la production pour sa propre consommation.

Après la révolution, le domaine connaît une longue succession de propriétaires, qui semble le mener lentement à la déchéance, puis un épisode de grêle douloureux en 1937, qui manque de mettre définitivement un terme à sa légende. Par bonheur, les terres sont rachetées en 1939 par l'ingénieur agronome Paul Montagne, qui signe la renaissance du domaine en replantant les vignes et rénovant les chais, avant de passer la main à son fils Léo. Dès 1953, les millésimes réussis fleurissent de nouveau, mais une fois de plus, à partir de 1975, un déficit d'investissements nuit à la qualité pendant une dizaine d'années.

C'est l'arrivée en co-propriété de Bernard Magrez, figure bordelaise emblématique, qui marquera en 1985 le retour définitif à une production de haut niveau, un essor désormais conforté par les talents du célèbre oenologue consultant, Michel Rolland.